En los últimos años se dictaron contra él varias condenas perpetuas por delitos de lesa humanidad cometidos durante el régimen: robo de bebés, torturas, privaciones ilegales de la libertad y asociación ilícita figuraban en su historial.
Bignone le entregó en diciembre de 1983 el mando al primer jefe de Estado de la actual democracia, Raúl Alfonsín, después de que este ganase las elecciones realizadas dos meses antes tras siete años de sangrienta dictadura (1976-1983).
Nombrado presidente el 1 de julio de 1982, Bignone sustituyó al depuesto Leopoldo Galtieri tras la derrota de Argentina en la guerra de las Malvinas contra el Reino Unido y una de sus primeras medidas fue convocar elecciones, pero también la destrucción de toda la documentación sobre detenciones, torturas y asesinatos de desaparecidos.
Además, aprobó una Ley de Amnistía para los miembros de las fuerzas armadas sobre los actos cometidos contra miles de personas que fue derogada posteriormente por Alfonsín.
Aunque en enero de 1984 fue el primer militar detenido y encarcelado, acusado de la desaparición y asesinato de soldados y por participar en la "guerra sucia" contra la subversión, fue liberado por disposición del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas meses después.
Ya en el 2007, durante el Ejecutivo de Néstor Kirchner (2003-2007), la Justicia declaró la inconstitucionalidad de las leyes de punto final y obediencia debida sancionadas en 1986 y 1987, así como los indultos concedidos por el expresidente Carlos Menem (1989-1999), y Bignone fue detenido acusado de violación de derechos humanos y responsabilidad en secuestros ilegales y homicidios.
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