Emparejamientos de 1/16 de final (31 de octubre y 28 de noviembre)
1) CD Alcoyano / Real Madrid CF
2) UE Llagostera / Valencia CF SAD
3) CP Cacereño SAD / Málaga CF SAD
4) Deportivo Alavés SAD / FC Barcelona
5) SD Eibar SAD / Athletic Club
6) Real Jaén CF SAD / Club Atlético de Madrid SAD
7) UD Melilla / Levante UD SAD
8) Vencedor UD Las Palmas SAD- Real Racing Club SAD / Rayo Vallecano de Madrid SAD
9) Real Sporting de Gijón SAD / Club Atlético Osasuna
10) UD Almería SAD / RC Celta de Vigo SAD
11) Córdoba CF SAD / Real Sociedad de Fútbol SAD
12) SD Ponferradina SAD / Getafe CF SAD
13) Real Valladolid CF SAD / Real Betis Balompié SAD
14) RC Deportivo de la Coruña SAD / RCD Mallorca SAD
15) Real Zaragoza SAD / Granada CF SAD
16) Sevilla FC SAD / RCD Espanyol de Barcelona SAD
Emparejamientos de 1/8 de final (12 y 19 de diciembre)
17) Vencedor Eliminatoria 8 / Vencedor Eliminatoria 13
18) Vencedor Eliminatoria 7 / Vencedor Eliminatoria 15
19) Vencedor Eliminatoria 14 / Vencedor Eliminatoria 16
20) Vencedor Eliminatoria 9 / Vencedor Eliminatoria 2
21) Vencedor Eliminatoria 5 / Vencedor Eliminatoria 3
22) Vencedor Eliminatoria 6 / Vencedor Eliminatoria 12
23) Vencedor Eliminatoria 4 / Vencedor Eliminatoria 11
24) Vencedor Eliminatoria 10 / Vencedor Eliminatoria 1
Emparejamientos de ¼ de final (9 y 16 de enero de 2013)
25) Vencedor Eliminatoria 18 / Vencedor Eliminatoria 19
26) Vencedor Eliminatoria 24 / Vencedor Eliminatoria 20
27) Vencedor Eliminatoria 22 / Vencedor Eliminatoria 17
28) Vencedor Eliminatoria 23 / Vencedor Eliminatoria 21
Emparejamientos de Semifinales (23 y 30 de enero de 2013)
29) Vencedor Eliminatoria 26 / Vencedor Eliminatoria 28
30) Vencedor Eliminatoria 27 / Vencedor Eliminatoria 25
La final se celebrará entre los dos vencedores de semifinales el sábado 18 de mayo de 2013 en el estadio que designe la RFEF.