La chispa se desencadenó cuando algunos comenzaron a criticar su respuesta durante la celebración de Miss Perú sobre la participación de los travestis en este tipo de concursos, a lo que ella responde: "Yo dije que respetaba la decisión de todas las personas, pero que le tocaba a la empresa organizadora de los concursos decidir si las aceptaban o no".
Tras estas declaraciones, llegó la gran pregunta: "¿Cómo reaccionarías si tuvieras un hijo homosexual?" y Cindy contestó: "Siento que aquello no me pasaría porque esas cosas se dan cuando falta el padre, cuando se sufre una violación, cuando esa persona vive solo con la madre y las hermanas". Según Miss Perú, es ahí donde "empieza el amaneramiento", así que cuando ella "tenga hijos, los voy a entregar a Dios por completo. Tendrán a sus dos padres al lado y les daré una buena crianza".
Ante las críticas desencadenadas a raíz de estos polémicos comentarios, Cindy Mejía ha querido defenderse apuntando a que las declaraciones estaban manipuladas, a lo que el periódico ha respondido subiendo el audio donde la Miss explicaba literalmente lo publicado. Ahora, entre las peticiones que exigen que devuelva su corona, Miss Perú Universo 2012 se escuda en la frase: "Mi mejor amigo es gay