Se trata del último de una serie de lanzamientos en un largo periodo de elevada tensión militar en la península coreana, aumentado considerablemente desde el cuarto ensayo nuclear norcoreano, el pasado 6 de enero.
El clima se deterioró aún más con la puesta en marcha de maniobras militares conjuntas en Corea del Sur entre Seúl y Washington.
Pyongyang, que las considera una amenaza para su territorio, ha respondido con amenazas de bombardeos nucleares y con el lanzamiento de numerosos misiles en el mar.
El ministro de Defensa surcoreano dijo que el misil tierra-aire fue disparado hacia las 12H45 (3H45 GMT) desde la ciudad de Sondok (este).
El lanzamiento se produjo paralelamente a una cumbre en Washington centrada en el programa nuclear norcoreano en los encuentros bilaterales del presidente estadounidense Barack Obama con los líderes de China, Japón y Corea del Norte.
Los medios norcoreanos han calificado esta cumbre de esfuerzo "sinsentido" para culpar a Pyongyang por su "acceso legítimo al armamento nuclear".
Por otro lado, Seúl acusó al régimen de Kim Jong-un de interferir voluntariamente en sus sistemas de geolocalización con ondas de radio desde varios puntos del territorio norcoreano.
Corea del Sur afirma que en torno al 70% de su flota pesquera ha debido regresar a puerto forzada por problemas de navegación provocados por la interferencia de ondas de radio de Pyongyang.
"La interferencia GPS es un acto de provocación. Exhortamos al Norte a cesar estos actos de provocación y a comportarse de modo que ayude a mejorar las relaciones intercoreanas", declaró a los periodistas el portavoz del Ministerio de la Unificación, Jeong Joon-hee.